Η μορφή του Οδυσσέα, το θεμελιώδες στοιχείο σε όλη την εικαστική ταυτότητα της Νήσου Ιθάκης, εδώ έρχεται μέσα από μια προφορική λαϊκή παράδοση, σύμφωνα με την οποία η κορυφογραμμή πάνω από το Λιμάνι Βαθέως σχηματίζει το προφίλ του Βασιλιά Οδυσσέα κοιμώμενου.

Το δεσπόζον αυτό στοιχείο συνδυάζεται στο λογότυπο με μια σειρά από άλλα στοιχεία παραδοσιακού, λαογραφικού και περιβαλλοντικού ενδιαφέροντος, τα οποία αναδύονται ως συναισθηματική μνήμη μέσα από την χρωματική παλέτα και τα γεωμετρικά σχήματα που έχουν χρησιμοποιηθεί, όπως η παραδοσιακή αρχιτεκτονική του νησιού, η ιστορικότητά του, ο προορισμός, η θάλασσα κι η ναυτοσύνη, η πανέμορφη πολυχρωμία της φύσης.

Το λογότυπο του Μουσείου δίνει το στίγμα της ζωής πάνω στο Νησί της Ιθάκης σήμερα, χθες, πάντα, κάτω από την ήρεμη σκέπη του Βασιλιά Οδυσσέα.

Το λογότυπο σχεδιάστηκε και προσφέρθηκε ευγενώς στον Δήμο Ιθάκης από την διεθνούς κύρους Ιθακησία δημιουργό εμπορικής ταυτότητας κ. Θεοδώρα Μάντζαρη και φέρει την εύφημο μνεία του Ελληνικού Οργανισμού Τουρισμού.